turboLinux_White Box Enterprise Linux_Fedora Core_Red Hat Memo/Amber
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開始行:
**Amber10のインストール [#w805326c]
RIGHT:更新日 &lastmod();
CentOS5.3 64Bit版(Core2Duo)にAmber10をインストール。
Amberは、カリフォルニア大学のコールマン教授らのグループに...
** intel fortranのインストール [#l38a4f77]
事前に以下のファイルを追加インストール
# yum install gcc
# yum install gcc-gfortran
# yum install gcc-c++
# yum install libstdc++.so.5
# yum install compat-libstdc++-33.x86_64
# yum install compat-gcc-34-g77
# yum install compat-gcc-34-c++
# yum install compat-libgcc-296
# yum install compat-libstdc++-296
# yum install e2fsprogs-devel
後は、CD内install.shを起動して評価版を選択してデフォルト...
# tar zxvf l_cprof_p_11.0.074.tgz
# cd l_cprof_p_11.0.074
# ./install.sh
インストールの様子&ref("intelfortran install.txt");
***30日の評価版からライセンス登録方法 [#u0ef54dc]
30日が過ぎるとmakeすると以下のようなエラーが出る
Error: A license for FCompL could not be obtained.
Your license has expired.
License file(s) used were (in this order):
1. Trusted Storage
2. /opt/intel/Compiler/11.0/074/licenses
3. /opt/intel/licenses/*.lic
4. /home/amber/intel/licenses
5. /root/intel/licenses
6. /Users/Shared/Library/Application Support/Intel/...
7. /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/intel64/*.lic
Please visit http://www.intel.com/software/products to o...
ifort: error #10052: FLEXlm ライセンスをチェックアウトで...
そこで購入し、送られてきたファイル(COM_L_CMP_FOR_****-***...
/opt/intel/licenses/
にコピーすればよい。
** OpenMPIのインストール [#lca4fe02]
MPI (Message-Passing Interface)[1,2,3] は メモリ分散型の...
以下のコマンドがないとconfigureで以下のようなFortranが動...
configure: error: Could not run a simple Fortran 77 prog...
# source /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh i...
&color(red){ 「# /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortva...
# cd /usr/local/src
# tar jxvf openmpi-1.3.3.tar.bz2
# cd openmpi-1.3.3
# ./configure F77=ifort FC=ifort --prefix=/usr/local/ope...
# make
# make insatll
# cd /usr/local
# ln -s openmpi_1_3_3 openmpi
# PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH
** AmberTooles1.2のインストール [#c2dd7b81]
&color(red){X環境もAmberToolesが必要で以下をinstallしてお...
Warning: the X11 libraries are not in the usual location !
To search for them try the command: locate libXt
On Fedora Core 5 install an xorg-x11-devel package.
On RedHat8 install an XFree86-devel package.
For the moment Amber will be configured not to build...
になり、config.hは
BUILD_SLEAP=install_sleap
XHOME= /usr/X11R6
XLIBS= -L/usr/X11R6/lib64 -L/usr/X11R6/lib
MAKE_XLEAP=skip_xleap
となりxleapがskipされるので不都合になる。
# yum install libX*-devel
http://ambermd.org/bugfixesat.html
よりパッチbugfix_at.allをDownlaod
展開先を/usr/localにすること
# cd /usr/local
# tar jxvf /usr/local/src/Amber/AmberTools-1.2.tar.bz2
# cd amber10/
# export AMBERHOME=/usr/local/amber10
# patch -p0 -N < /usr/local/src/Amber/bugfix_at.all
# cd src/
# ./configure_at
(略)
The configuration file, config.h, was successfully creat...
The next step is to type 'make -f Makefile_at'
# make -f Makefile_at
***作成プログラムの試験 [#j76da1e2]
# cd ../test
# make -f Makefile_at
=====================================================
Running test to do simple lmod optimization
1c1
< Glob. min. E = -122.793 kcal/mol
---
> Glob. min. E = -122.191 kcal/mol
FAILED (probably OK if energy is -115 to -125)
=====================================================
ほとんどPASSEDするが数値誤差による上記のようなFAILEDはある
** Amber10のインストール [#l4aec4e0]
http://ambermd.org/bugfixes10.html
よりパッチbugfix.allをDownlaod
# cd ../.. <== /usr/localに移動
# tar jxvf /usr/local/src/Amber/Amber10.tar.bz2
# cd $AMBERHOME
# patch -p0 -N < /usr/local/src/Amber/bugfix.all
# cd src
# export MKL_HOME=/opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl
# export MPI_HOME=/usr/local/openmpi
***シリアル版インストール [#hbb486cf]
# ./configure_amber ifort
Setting AMBERHOME to /usr/local/amber10
Setting up Amber configuration file for architecture: if...
Using parallel communications library: none
MKL_HOME is set to /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl
Using MKL libraries from /opt/intel/Compiler/11.0/074/mk...
Testing the C compiler:
gcc -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -m...
OK
Testing the Fortran compiler:
ifort -w95 -vec_report0 -mp1 -O0 -o testp testp.f
OK
---- Configuring the netCDF libraries: --------
Configuring netcdf; (may be time-consuming)
NETCDF configure succeeded.
The configuration file, config_amber.h, was successfully...
# make serial
# make clean
以下のようなエラーが出たら(IntelFortran 11.0.84でエラー)
ld: cannot find -lvml
make[1]: *** [sander.MPI] エラー 1
config_amber.hを以下のように変更
変更前
LOADLIB= -L/opt/intel/Compiler/11.0/084/mkl/lib/em64t -...
^...
変更後
LOADLIB= -L/opt/intel/Compiler/11.0/084/mkl/lib/em64t -...
-------
ログファイルを残すときは以下のようにする
# make serial | tee make_serial.log
以下のメッセージが最後に出る
Installation of Amber10 (serial) is complete at 2009 ......
***並列版インストール [#k7e8b44e]
# export MPI_HOME=/usr/local/openmpi
# PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH
# ./configure_amber -openmpi ifort
------ Configuring the netCDF libraries: --------
Configuring netcdf; (may be time-consuming)
NETCDF configure succeeded.
MPI_HOME is set to /usr/local/openmpi
The configuration file, config_amber.h, was successfully...
# make clean
# make parallel
(略)
mv addles ../../exe
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/amber10/src/addles' か...
Installation of Amber10 (parallel) is complete at 2009年...
***並列版 pmemdの別途コンパイル [#ed3c1836]
これがなかなかうまくいかなかった(IntelFortran 11.0.74)
# cd pmemd
# export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/ope...
# ./configure linux_em64t ifort mpich
File config_data/interconnect.mpich being used...
configure assumes mpich files are in /usr/local/openmpi.
PMEMD Configurate successfully completed.
config.hを3箇所修正
変更前
MPI_LIBS = -L$(MPI_LIBDIR) -lmpich
変更後
MPI_LIBS = -L$(MPI_LIBDIR) -lrt -luuid -lpthread
変更前
F90 = ifort
変更後
F90 = mpif90
変更前
LOAD = ifort
変更後
LOAD = mpif90
以下もいるかも
変更後
< F90_OPT_LO = -O0
< F90_OPT_MED = -O2
< F90_OPT_HI = -xP -ip -O3
---
変更前
> F90_OPT_LO = -tpp7 -O0
> F90_OPT_MED = -tpp7 -O2
> F90_OPT_HI = -tpp7 -xP -ip -O3
IntelFortran 11.0.74で行うと
makeしたら以下で止まってしまう。うまくいけばあとは make i...
/lib/cpp -traditional -P -I/usr/local/openmpi/include -...
NONBLOCKING_MPI -DDIRFRC_EFS -DDIRFRC_COMTRANS -DDIRFRC_...
-DFFTLOADBAL_2PROC master_setup.fpp master_setup.f90
mpif90 -c -auto -xP -ip -O3 master_setup.f90
/lib/cpp -traditional -P -I/usr/local/openmpi/include -...
NONBLOCKING_MPI -DDIRFRC_EFS -DDIRFRC_COMTRANS -DDIRFRC_...
-DFFTLOADBAL_2PROC pmemd.fpp pmemd.f90
mpif90 -c -auto -xP -ip -O3 pmemd.f90
&color(red){IntelFortran 11.0.84でコンパイルしたらうまく...
以下のエラーは e2fsprogs-develが未インストール時出た
ld: cannot find -luuid
make[1]: *** [pmemd] エラー 1
** 動作確認 [#b2c674f6]
# cd $AMBERHOME/test
# make test.serial
# make test.serial.QMMM
# export DO_PARALLEL=" mpirun -np 4"
多すぎと言われるのでCPUが2なので
# export DO_PARALLEL=" mpirun -np 2"
# make test.parallel
# make test.parallel.QMMM
# make test.parallel.EVB
ここまではパスした
# make test.pmemd
IntelFortran 11.0.84では無事に終了~
（IntelFortran 11.0.74では当然だめ）
TESTでは以下のライブラリPATHを追加しないと以下のようなエ...
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/Compiler/11.0/084/mkl/...
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/openm...
エラー：
/usr/local/amber10/exe/sander: error while loading share...
libguide.so: cannot open shared object file: No such fil...
./Run.tleap: Program error in sander (could be leap inpu...
make: *** [test.leap] エラー 1
''/etc/profile''に以下を追加
# No core files by default
ulimit -S -c 0 > /dev/null 2>&1
## 以下を追加
## Enlarge stack size for Amber
ulimit -s 20480
############
if [ -x /usr/bin/id ]; then
(略)
HOSTNAME=`/bin/hostname`
HISTSIZE=1000
if [ -z "$INPUTRC" -a ! -f "$HOME/.inputrc" ]; then
INPUTRC=/etc/inputrc
fi
##以下を追加
# Intel fortran settings
if [ -e /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh ];...
. /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh inte...
fi
# OpenMPI settings
PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH
# Amber settings
export AMBERHOME=/usr/local/amber10
PATH=$AMBERHOME/exe:$PATH
############
export PATH USER LOGNAME MAIL HOSTNAME HISTSIZE INPUTRC
**xmgraceのインストール [#rc993ff6]
構築にはMotif API群が必要
# yum install openmotif-devel.x86_64
http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/からgrace-latest....
$ tar zxvf grace-latest.tar.gz
$ cd grace-5.1.22
$ ./configure
$ make
$ su
# make install
/usr/local/grace/bin/xmgraceが実行形式みたい
終了行:
**Amber10のインストール [#w805326c]
RIGHT:更新日 &lastmod();
CentOS5.3 64Bit版(Core2Duo)にAmber10をインストール。
Amberは、カリフォルニア大学のコールマン教授らのグループに...
** intel fortranのインストール [#l38a4f77]
事前に以下のファイルを追加インストール
# yum install gcc
# yum install gcc-gfortran
# yum install gcc-c++
# yum install libstdc++.so.5
# yum install compat-libstdc++-33.x86_64
# yum install compat-gcc-34-g77
# yum install compat-gcc-34-c++
# yum install compat-libgcc-296
# yum install compat-libstdc++-296
# yum install e2fsprogs-devel
後は、CD内install.shを起動して評価版を選択してデフォルト...
# tar zxvf l_cprof_p_11.0.074.tgz
# cd l_cprof_p_11.0.074
# ./install.sh
インストールの様子&ref("intelfortran install.txt");
***30日の評価版からライセンス登録方法 [#u0ef54dc]
30日が過ぎるとmakeすると以下のようなエラーが出る
Error: A license for FCompL could not be obtained.
Your license has expired.
License file(s) used were (in this order):
1. Trusted Storage
2. /opt/intel/Compiler/11.0/074/licenses
3. /opt/intel/licenses/*.lic
4. /home/amber/intel/licenses
5. /root/intel/licenses
6. /Users/Shared/Library/Application Support/Intel/...
7. /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/intel64/*.lic
Please visit http://www.intel.com/software/products to o...
ifort: error #10052: FLEXlm ライセンスをチェックアウトで...
そこで購入し、送られてきたファイル(COM_L_CMP_FOR_****-***...
/opt/intel/licenses/
にコピーすればよい。
** OpenMPIのインストール [#lca4fe02]
MPI (Message-Passing Interface)[1,2,3] は メモリ分散型の...
以下のコマンドがないとconfigureで以下のようなFortranが動...
configure: error: Could not run a simple Fortran 77 prog...
# source /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh i...
&color(red){ 「# /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortva...
# cd /usr/local/src
# tar jxvf openmpi-1.3.3.tar.bz2
# cd openmpi-1.3.3
# ./configure F77=ifort FC=ifort --prefix=/usr/local/ope...
# make
# make insatll
# cd /usr/local
# ln -s openmpi_1_3_3 openmpi
# PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH
** AmberTooles1.2のインストール [#c2dd7b81]
&color(red){X環境もAmberToolesが必要で以下をinstallしてお...
Warning: the X11 libraries are not in the usual location !
To search for them try the command: locate libXt
On Fedora Core 5 install an xorg-x11-devel package.
On RedHat8 install an XFree86-devel package.
For the moment Amber will be configured not to build...
になり、config.hは
BUILD_SLEAP=install_sleap
XHOME= /usr/X11R6
XLIBS= -L/usr/X11R6/lib64 -L/usr/X11R6/lib
MAKE_XLEAP=skip_xleap
となりxleapがskipされるので不都合になる。
# yum install libX*-devel
http://ambermd.org/bugfixesat.html
よりパッチbugfix_at.allをDownlaod
展開先を/usr/localにすること
# cd /usr/local
# tar jxvf /usr/local/src/Amber/AmberTools-1.2.tar.bz2
# cd amber10/
# export AMBERHOME=/usr/local/amber10
# patch -p0 -N < /usr/local/src/Amber/bugfix_at.all
# cd src/
# ./configure_at
(略)
The configuration file, config.h, was successfully creat...
The next step is to type 'make -f Makefile_at'
# make -f Makefile_at
***作成プログラムの試験 [#j76da1e2]
# cd ../test
# make -f Makefile_at
=====================================================
Running test to do simple lmod optimization
1c1
< Glob. min. E = -122.793 kcal/mol
---
> Glob. min. E = -122.191 kcal/mol
FAILED (probably OK if energy is -115 to -125)
=====================================================
ほとんどPASSEDするが数値誤差による上記のようなFAILEDはある
** Amber10のインストール [#l4aec4e0]
http://ambermd.org/bugfixes10.html
よりパッチbugfix.allをDownlaod
# cd ../.. <== /usr/localに移動
# tar jxvf /usr/local/src/Amber/Amber10.tar.bz2
# cd $AMBERHOME
# patch -p0 -N < /usr/local/src/Amber/bugfix.all
# cd src
# export MKL_HOME=/opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl
# export MPI_HOME=/usr/local/openmpi
***シリアル版インストール [#hbb486cf]
# ./configure_amber ifort
Setting AMBERHOME to /usr/local/amber10
Setting up Amber configuration file for architecture: if...
Using parallel communications library: none
MKL_HOME is set to /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl
Using MKL libraries from /opt/intel/Compiler/11.0/074/mk...
Testing the C compiler:
gcc -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -m...
OK
Testing the Fortran compiler:
ifort -w95 -vec_report0 -mp1 -O0 -o testp testp.f
OK
---- Configuring the netCDF libraries: --------
Configuring netcdf; (may be time-consuming)
NETCDF configure succeeded.
The configuration file, config_amber.h, was successfully...
# make serial
# make clean
以下のようなエラーが出たら(IntelFortran 11.0.84でエラー)
ld: cannot find -lvml
make[1]: *** [sander.MPI] エラー 1
config_amber.hを以下のように変更
変更前
LOADLIB= -L/opt/intel/Compiler/11.0/084/mkl/lib/em64t -...
^...
変更後
LOADLIB= -L/opt/intel/Compiler/11.0/084/mkl/lib/em64t -...
-------
ログファイルを残すときは以下のようにする
# make serial | tee make_serial.log
以下のメッセージが最後に出る
Installation of Amber10 (serial) is complete at 2009 ......
***並列版インストール [#k7e8b44e]
# export MPI_HOME=/usr/local/openmpi
# PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH
# ./configure_amber -openmpi ifort
------ Configuring the netCDF libraries: --------
Configuring netcdf; (may be time-consuming)
NETCDF configure succeeded.
MPI_HOME is set to /usr/local/openmpi
The configuration file, config_amber.h, was successfully...
# make clean
# make parallel
(略)
mv addles ../../exe
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/amber10/src/addles' か...
Installation of Amber10 (parallel) is complete at 2009年...
***並列版 pmemdの別途コンパイル [#ed3c1836]
これがなかなかうまくいかなかった(IntelFortran 11.0.74)
# cd pmemd
# export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/ope...
# ./configure linux_em64t ifort mpich
File config_data/interconnect.mpich being used...
configure assumes mpich files are in /usr/local/openmpi.
PMEMD Configurate successfully completed.
config.hを3箇所修正
変更前
MPI_LIBS = -L$(MPI_LIBDIR) -lmpich
変更後
MPI_LIBS = -L$(MPI_LIBDIR) -lrt -luuid -lpthread
変更前
F90 = ifort
変更後
F90 = mpif90
変更前
LOAD = ifort
変更後
LOAD = mpif90
以下もいるかも
変更後
< F90_OPT_LO = -O0
< F90_OPT_MED = -O2
< F90_OPT_HI = -xP -ip -O3
---
変更前
> F90_OPT_LO = -tpp7 -O0
> F90_OPT_MED = -tpp7 -O2
> F90_OPT_HI = -tpp7 -xP -ip -O3
IntelFortran 11.0.74で行うと
makeしたら以下で止まってしまう。うまくいけばあとは make i...
/lib/cpp -traditional -P -I/usr/local/openmpi/include -...
NONBLOCKING_MPI -DDIRFRC_EFS -DDIRFRC_COMTRANS -DDIRFRC_...
-DFFTLOADBAL_2PROC master_setup.fpp master_setup.f90
mpif90 -c -auto -xP -ip -O3 master_setup.f90
/lib/cpp -traditional -P -I/usr/local/openmpi/include -...
NONBLOCKING_MPI -DDIRFRC_EFS -DDIRFRC_COMTRANS -DDIRFRC_...
-DFFTLOADBAL_2PROC pmemd.fpp pmemd.f90
mpif90 -c -auto -xP -ip -O3 pmemd.f90
&color(red){IntelFortran 11.0.84でコンパイルしたらうまく...
以下のエラーは e2fsprogs-develが未インストール時出た
ld: cannot find -luuid
make[1]: *** [pmemd] エラー 1
** 動作確認 [#b2c674f6]
# cd $AMBERHOME/test
# make test.serial
# make test.serial.QMMM
# export DO_PARALLEL=" mpirun -np 4"
多すぎと言われるのでCPUが2なので
# export DO_PARALLEL=" mpirun -np 2"
# make test.parallel
# make test.parallel.QMMM
# make test.parallel.EVB
ここまではパスした
# make test.pmemd
IntelFortran 11.0.84では無事に終了~
（IntelFortran 11.0.74では当然だめ）
TESTでは以下のライブラリPATHを追加しないと以下のようなエ...
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/Compiler/11.0/084/mkl/...
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/openm...
エラー：
/usr/local/amber10/exe/sander: error while loading share...
libguide.so: cannot open shared object file: No such fil...
./Run.tleap: Program error in sander (could be leap inpu...
make: *** [test.leap] エラー 1
''/etc/profile''に以下を追加
# No core files by default
ulimit -S -c 0 > /dev/null 2>&1
## 以下を追加
## Enlarge stack size for Amber
ulimit -s 20480
############
if [ -x /usr/bin/id ]; then
(略)
HOSTNAME=`/bin/hostname`
HISTSIZE=1000
if [ -z "$INPUTRC" -a ! -f "$HOME/.inputrc" ]; then
INPUTRC=/etc/inputrc
fi
##以下を追加
# Intel fortran settings
if [ -e /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh ];...
. /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh inte...
fi
# OpenMPI settings
PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH
# Amber settings
export AMBERHOME=/usr/local/amber10
PATH=$AMBERHOME/exe:$PATH
############
export PATH USER LOGNAME MAIL HOSTNAME HISTSIZE INPUTRC
**xmgraceのインストール [#rc993ff6]
構築にはMotif API群が必要
# yum install openmotif-devel.x86_64
http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/からgrace-latest....
$ tar zxvf grace-latest.tar.gz
$ cd grace-5.1.22
$ ./configure
$ make
$ su
# make install
/usr/local/grace/bin/xmgraceが実行形式みたい
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