turboLinux_White Box Enterprise Linux_Fedora Core_Red Hat Memo/Amber の変更点

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**Amber10のインストール [#w805326c]

RIGHT:更新日 &lastmod();

CentOS5.3 64Bit版(Core2Duo)にAmber10をインストール。

pmemedだけインストールできなかった。

Amberは、カリフォルニア大学のコールマン教授らのグループによって開発された、分子力学および分子動力学計算パッケージです。Amberでは、分子力学、エネルギー極小化、基準振動解析、分子動力学、自由エネルギー計算などを行うことが可能です。

** intel fortranのインストール [#l38a4f77]

事前に以下のファイルを追加インストール
 # yum install gcc
 # yum install gcc-gfortran
 # yum install gcc-c++
 # yum install libstdc++.so.5
 # yum install compat-libstdc++-33.x86_64
 # yum install compat-gcc-34-g77
 # yum install compat-gcc-34-c++
 # yum install compat-libgcc-296
 # yum install compat-libstdc++-296
 # yum install e2fsprogs-devel

後は、CD内install.shを起動して評価版を選択してデフォルトインストール

 # tar zxvf l_cprof_p_11.0.074.tgz
 # cd l_cprof_p_11.0.074
 # ./install.sh

インストールの様子&ref("intelfortran install.txt");

***30日の評価版からライセンス登録方法 [#u0ef54dc]

30日が過ぎるとmakeすると以下のようなエラーが出る

 Error: A license for FCompL could not be obtained.
 
 Your license has expired.
 
 License file(s) used were (in this order):
     1.  Trusted Storage
     2.  /opt/intel/Compiler/11.0/074/licenses
     3.  /opt/intel/licenses/*.lic
     4.  /home/amber/intel/licenses
     5.  /root/intel/licenses
     6.  /Users/Shared/Library/Application Support/Intel/Licenses
     7.  /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/intel64/*.lic
 
 Please visit http://www.intel.com/software/products to obtain license renewal information.
 
 ifort: error #10052: FLEXlm ライセンスをチェックアウトできませんでした。


そこで購入し、送られてきたファイル(COM_L_CMP_FOR_****-*****.lic)を

/opt/intel/licenses/

にコピーすればよい。

** OpenMPIのインストール [#lca4fe02]

MPI (Message-Passing Interface)[1,2,3] は メモリ分散型の並列計算をサポートするためのライブラリである。 MPI は新しいプログラミング言語ではなく、 C または Fortran から呼び出すサブプログラムのライブラリである。

以下のコマンドがないとconfigureで以下のようなFortranが動作していないとエラーが出るので実行しておく

 configure: error: Could not run a simple Fortran 77 program.  Aborting.

 # source /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh intel64

&color(red){ 「# /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh intel64」の実行ではダメみたい};

 # cd /usr/local/src
 # tar  jxvf openmpi-1.3.3.tar.bz2
 # cd openmpi-1.3.3
 # ./configure F77=ifort FC=ifort --prefix=/usr/local/openmpi_1_3_3
 
 # make
 # make insatll
 # cd /usr/local
 # ln -s openmpi_1_3_3 openmpi
 # PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH

** AmberTooles1.2のインストール [#c2dd7b81]

&color(red){X環境もAmberToolesが必要で以下をinstallしておかないとxaLeap,xleapがinstallされない。./configure_at時以下のWarningが出る};

 Warning: the X11 libraries are not in the usual location !
     To search for them try the command: locate libXt
     On Fedora Core 5 install an xorg-x11-devel package.
     On RedHat8 install an XFree86-devel package.
     For the moment Amber will be configured not to build XLEaP.

になり、config.hは

 BUILD_SLEAP=install_sleap
 XHOME= /usr/X11R6
 XLIBS= -L/usr/X11R6/lib64 -L/usr/X11R6/lib
 MAKE_XLEAP=skip_xleap

となりxleapがskipされるので不都合になる。

 # yum install libX*-devel

http://ambermd.org/bugfixesat.html

よりパッチbugfix_at.allをDownlaod

展開先を/usr/localにすること

 # cd /usr/local
 # tar jxvf /usr/local/src/Amber/AmberTools-1.2.tar.bz2
 # cd amber10/
 # export AMBERHOME=/usr/local/amber10
 # patch -p0 -N < /usr/local/src/Amber/bugfix_at.all
 # cd src/
 
 # ./configure_at
 (略)
 The configuration file, config.h, was successfully created.
 
 The next step is to type 'make -f Makefile_at'
 

 # make -f Makefile_at

***作成プログラムの試験 [#j76da1e2]

 # cd ../test
 
 # make -f Makefile_at


 =====================================================
 Running test to do simple lmod optimization
 
 1c1
 < Glob. min. E         =     -122.793 kcal/mol
 ---
 > Glob. min. E         =     -122.191 kcal/mol
   FAILED (probably OK if energy is -115 to -125)
 
 =====================================================

ほとんどPASSEDするが数値誤差による上記のようなFAILEDはある

** Amber10のインストール [#l4aec4e0]

http://ambermd.org/bugfixes10.html

よりパッチbugfix.allをDownlaod

 # cd ../..  <== /usr/localに移動
 # tar jxvf /usr/local/src/Amber/Amber10.tar.bz2
 # cd $AMBERHOME
 # patch -p0 -N < /usr/local/src/Amber/bugfix.all
 # cd src
 # export MKL_HOME=/opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl
 # export MPI_HOME=/usr/local/openmpi


***シリアル版インストール [#hbb486cf]

 # ./configure_amber ifort
 Setting AMBERHOME to /usr/local/amber10
 
 Setting up Amber configuration file for architecture: ifort_x86_64
 Using parallel communications library: none
 MKL_HOME is set to /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl
 Using MKL libraries from /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/lib/em64t 
 
 Testing the C compiler:
       gcc  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -m64 -O2 -o testp testp.c
 OK
 
 Testing the Fortran compiler:
      ifort  -w95  -vec_report0 -mp1 -O0 -o testp testp.f
 OK
 
   ----   Configuring the netCDF libraries:   --------
 
 Configuring netcdf; (may be time-consuming)
 NETCDF configure succeeded.
 
 The configuration file, config_amber.h, was successfully created.

 # make serial
 # make clean

以下のようなエラーが出たら(IntelFortran 11.0.84でエラー)

 ld: cannot find -lvml
 make[1]: *** [sander.MPI] エラー 1

config_amber.hを以下のように変更

変更前
 LOADLIB=  -L/opt/intel/Compiler/11.0/084/mkl/lib/em64t -lvml -lmkl_lapack -lmkl -lguide　-lpthread
                                                        ^^^^^ 削除
変更後
 LOADLIB=  -L/opt/intel/Compiler/11.0/084/mkl/lib/em64t -lmkl_lapack -lmkl -lguide -lpthrea

-------

ログファイルを残すときは以下のようにする
 # make serial | tee make_serial.log

以下のメッセージが最後に出る
 Installation of Amber10 (serial) is complete at 2009 .......

***並列版インストール [#k7e8b44e]

 # export MPI_HOME=/usr/local/openmpi
 # PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH


 # ./configure_amber -openmpi ifort
   ------   Configuring the netCDF libraries:   --------
 
 Configuring netcdf; (may be time-consuming)
 NETCDF configure succeeded.
 MPI_HOME is set to /usr/local/openmpi
  
 The configuration file, config_amber.h, was successfully created.

 # make clean 
 # make parallel
 
 (略)
 mv addles ../../exe
 make[1]: ディレクトリ `/usr/local/amber10/src/addles' から出ます
 
 Installation of Amber10 (parallel) is complete at 2009年  8月 28日 金曜日 11:15:06 JST.




***並列版　pmemdの別途コンパイル [#ed3c1836]

これがなかなかうまくいかなかった(IntelFortran 11.0.74)

 # cd pmemd
 # export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/openmpi/lib
 # ./configure linux_em64t ifort mpich
 
 File config_data/interconnect.mpich being used...
 configure assumes mpich files are in /usr/local/openmpi.
 PMEMD Configurate successfully completed.
 
 
config.hを3箇所修正

 変更前
 MPI_LIBS = -L$(MPI_LIBDIR) -lmpich
 
 変更後
 MPI_LIBS = -L$(MPI_LIBDIR) -lrt -luuid -lpthread 

 変更前
 F90 = ifort
 
 変更後
 F90 = mpif90

 変更前
 LOAD = ifort
 
 変更後
 LOAD = mpif90

以下もいるかも

 変更後
 < F90_OPT_LO =  -O0
 < F90_OPT_MED = -O2
 < F90_OPT_HI =  -xP -ip -O3
 ---
 変更前
 > F90_OPT_LO =  -tpp7 -O0
 > F90_OPT_MED = -tpp7 -O2
 > F90_OPT_HI =  -tpp7 -xP -ip -O3

IntelFortran 11.0.74で行うと

makeしたら以下で止まってしまう。うまくいけばあとは make install

 /lib/cpp -traditional -P  -I/usr/local/openmpi/include -DPUBFFT  -DMPI -DSLOW_
 NONBLOCKING_MPI -DDIRFRC_EFS -DDIRFRC_COMTRANS -DDIRFRC_NOVEC -DMKL 
 -DFFTLOADBAL_2PROC master_setup.fpp master_setup.f90
 mpif90 -c -auto -xP -ip -O3 master_setup.f90
 /lib/cpp -traditional -P  -I/usr/local/openmpi/include -DPUBFFT  -DMPI -DSLOW_
 NONBLOCKING_MPI -DDIRFRC_EFS -DDIRFRC_COMTRANS -DDIRFRC_NOVEC -DMKL 
 -DFFTLOADBAL_2PROC pmemd.fpp pmemd.f90
 mpif90 -c -auto -xP -ip -O3 pmemd.f90


&color(red){IntelFortran 11.0.84でコンパイルしたらうまく動作した。};

以下のエラーは e2fsprogs-develが未インストール時出た

 ld: cannot find -luuid
 make[1]: *** [pmemd] エラー 1


** 動作確認 [#b2c674f6]

 # cd $AMBERHOME/test
 # make test.serial
 # make test.serial.QMMM
 
 # export DO_PARALLEL=" mpirun -np 4"
多すぎと言われるのでCPUが2なので
 # export DO_PARALLEL=" mpirun -np 2"
 
 # make test.parallel
 # make test.parallel.QMMM
 # make test.parallel.EVB

ここまではパスした

 # make test.pmemd

IntelFortran 11.0.84では無事に終了~
（IntelFortran 11.0.74では当然だめ）

TESTでは以下のライブラリPATHを追加しないと以下のようなエラーをする。ただしこの手順でインストールしてきた場合は追加されていると思われるのエラーしなかった。あとから動作確認のみ行うとき必要？

 export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/Compiler/11.0/084/mkl/lib/em64t:/opt/intel/Compiler/11.0/084/lib/intel64
 export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/openmpi/lib

エラー：
 /usr/local/amber10/exe/sander: error while loading shared libraries:
 libguide.so: cannot open shared object file: No such file or directory
 ./Run.tleap: Program error in sander (could be leap input problem)
 make: *** [test.leap] エラー 1






''/etc/profile''に以下を追加

 # No core files by default
 ulimit -S -c 0 > /dev/null 2>&1
 
 ## 以下を追加
 ## Enlarge stack size for Amber
 ulimit -s 20480
 
 ############
 
 if [ -x /usr/bin/id ]; then
 
 
 (略)
 
 
 HOSTNAME=`/bin/hostname`
 HISTSIZE=1000 
 
 if [ -z "$INPUTRC" -a ! -f "$HOME/.inputrc" ]; then
     INPUTRC=/etc/inputrc
 fi
 
 ##以下を追加
 
 # Intel fortran settings
 if [ -e /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh ]; then
     . /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh intel64
 fi
 
 # OpenMPI settings
 PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH
 
 # Amber settings
 export AMBERHOME=/usr/local/amber10
 PATH=$AMBERHOME/exe:$PATH
 
 ############
 
 
 export PATH USER LOGNAME MAIL HOSTNAME HISTSIZE INPUTRC

**xmgraceのインストール [#rc993ff6]

構築にはMotif API群が必要

 # yum install openmotif-devel.x86_64

http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/からgrace-latest.tar.gzをDLしてくる

 $ tar zxvf grace-latest.tar.gz
 $ cd grace-5.1.22
 $ ./configure
 $ make
 $ su
 # make install

/usr/local/grace/bin/xmgraceが実行形式みたい