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CentOS5.3 64Bit版(Core2Duo)にAmber10をインストール。
pmemedだけインストールできなかった。
Amberは、カリフォルニア大学のコールマン教授らのグループによって開発された、分子力学および分子動力学計算パッケージです。Amberでは、分子力学、エネルギー極小化、基準振動解析、分子動力学、自由エネルギー計算などを行うことが可能です。
事前に以下のファイルを追加インストール
# yum install gcc # yum install gcc-gfortran # yum install gcc-c++ # yum install libstdc++.so.5 # yum install compat-libstdc++-33.x86_64 # yum install compat-gcc-34-g77 # yum install compat-gcc-34-c++ # yum install compat-libgcc-296
後は、CD内install.shを起動して評価版を選択してデフォルトインストール
MPI (Message-Passing Interface)[1,2,3] は メモリ分散型の並列計算をサポートするためのライブラリである。 MPI は新しいプログラミング言語ではなく、 C または Fortran から呼び出すサブプログラムのライブラリである。
以下のコマンドがないとFortranが動作していないとエラーが出るので実行しておく
# source /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh intel64
# cd /usr/local/src # tar jxvf openmpi-1.3.3.tar.bz2 # cd openmpi-1.3.3 # ./configure F77=ifort FC=ifort --prefix=/usr/local/openmpi_1_3_3 # make # make insatll # cd /usr/local # ln -s openmpi_1_3_3 openmpi
http://ambermd.org/bugfixesat.htm
よりパッチbugfix_at.allをDownlaod
展開先を/usr/localにすること
# cd /usr/local # tar jxvf /usr/local/src/Amber/AmberTools-1.2.tar.bz2 # cd amber10/ # export AMBERHOME=/usr/local/amber10 # patch -p0 -N < /usr/local/src/Amber/bugfix_at.all # cd src/ # ./configure_at (略) The configuration file, config.h, was successfully created. The next step is to type 'make -f Makefile_at'
# make -f Makefile_at
# cd ../test
（./configure_at <===必要かも？）
# make -f Makefile_at
===================================================== Running test to do simple lmod optimization 1c1 < Glob. min. E = -122.793 kcal/mol --- > Glob. min. E = -122.191 kcal/mol FAILED (probably OK if energy is -115 to -125) =====================================================
ほとんどPASSEDするが数値誤差による上記のようなFAILEDはある
http://ambermd.org/buxfixes10.html
よりパッチbugfix.allをDownlaod
# cd ../.. <== /usr/localに移動 # tar jxvf /usr/local/src/Amber/Amber10.tar.bz2 # cd $AMBERHOME # patch -p0 -N < /usr/local/src/Amber/bugfix.all # cd src # export MKL_HOME=/opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl # export MPI_HOME=/usr/local/openmpi
# ./configure_amber ifort
Setting AMBERHOME to /usr/local/amber10
Setting up Amber configuration file for architecture: ifort_x86_64
Using parallel communications library: none
MKL_HOME is set to /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl
Using MKL libraries from /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/lib/em64t
Testing the C compiler:
gcc -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -m64 -O2 -o testp testp.c
OK
Testing the Fortran compiler:
ifort -w95 -vec_report0 -mp1 -O0 -o testp testp.f
OK
---- Configuring the netCDF libraries: --------
Configuring netcdf; (may be time-consuming)
NETCDF configure succeeded.
The configuration file, config_amber.h, was successfully created.
# make serial # make clean
ログファイルを残すときは以下のようにする
# make serial | tee make_serial.log
以下のメッセージが最後に出る
Installation of Amber10 (serial) is complete at 2009 .......
# export MPI_HOME=/usr/local/openmpi # export PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH
# ./configure_amber -openmpi ifort ------ Configuring the netCDF libraries: -------- Configuring netcdf; (may be time-consuming) NETCDF configure succeeded. MPI_HOME is set to /usr/local/openmpi The configuration file, config_amber.h, was successfully created.
# make clean # make parallel (略) mv addles ../../exe make[1]: ディレクトリ `/usr/local/amber10/src/addles' から出ます Installation of Amber10 (parallel) is complete at 2009年 8月 28日 金曜日 11:15:06 JST.
これがうまくいかなかった
# cd pmemd # export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/openmpi/lib # ./configure linux_em64t ifort mpich File config_data/interconnect.mpich being used... configure assumes mpich files are in /usr/local/openmpi. PMEMD Configurate successfully completed.
config.hを3箇所修正
変更前 MPI_LIBS = -L$(MPI_LIBDIR) -lmpich 変更後 MPI_LIBS = -L$(MPI_LIBDIR) -lrt -luuid -lpthread
変更前 F90 = ifort 変更後 F90 = mpif90
変更前 LOAD = ifort 変更後 LOAD = mpif90
以下もいるかも
変更後 < F90_OPT_LO = -O0 < F90_OPT_MED = -O2 < F90_OPT_HI = -xP -ip -O3 --- 変更前 > F90_OPT_LO = -tpp7 -O0 > F90_OPT_MED = -tpp7 -O2 > F90_OPT_HI = -tpp7 -xP -ip -O3
makeしたら以下で止まってしまう。うまくいけばあとは make install
/lib/cpp -traditional -P -I/usr/local/openmpi/include -DPUBFFT -DMPI -DSLOW_ NONBLOCKING_MPI -DDIRFRC_EFS -DDIRFRC_COMTRANS -DDIRFRC_NOVEC -DMKL -DFFTLOADBAL_2PROC master_setup.fpp master_setup.f90 mpif90 -c -auto -xP -ip -O3 master_setup.f90 /lib/cpp -traditional -P -I/usr/local/openmpi/include -DPUBFFT -DMPI -DSLOW_ NONBLOCKING_MPI -DDIRFRC_EFS -DDIRFRC_COMTRANS -DDIRFRC_NOVEC -DMKL -DFFTLOADBAL_2PROC pmemd.fpp pmemd.f90 mpif90 -c -auto -xP -ip -O3 pmemd.f90
# cd $AMBERHOME/test # make test.serial # make test.serial.QMMM # export DO_PARALLEL=" mpirun -np 4"
多すぎと言われるのでCPUが2なので
# export DO_PARALLEL=" mpirun -np 2" # make test.parallel # make test.parallel.QMMM # make test.parallel.EVB
ここまではパスした
# make test.pmemd
これは当然だめなはず
