Amber10のインストール †

更新日 2011-06-26 (日) 08:59:36

CentOS5.3 64Bit版(Core2Duo)にAmber10をインストール。

pmemedだけインストールできなかった。

Amberは、カリフォルニア大学のコールマン教授らのグループによって開発された、分子力学および分子動力学計算パッケージです。Amberでは、分子力学、エネルギー極小化、基準振動解析、分子動力学、自由エネルギー計算などを行うことが可能です。

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intel fortranのインストール †

事前に以下のファイルを追加インストール

# yum install gcc
# yum install gcc-gfortran
# yum install gcc-c++
# yum install libstdc++.so.5
# yum install compat-libstdc++-33.x86_64
# yum install compat-gcc-34-g77
# yum install compat-gcc-34-c++
# yum install compat-libgcc-296
# yum install compat-libstdc++-296
# yum install e2fsprogs-devel

後は、CD内install.shを起動して評価版を選択してデフォルトインストール

# tar zxvf l_cprof_p_11.0.074.tgz
# cd l_cprof_p_11.0.074
# ./install.sh

インストールの様子fileintelfortran install.txt

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30日の評価版からライセンス登録方法 †

30日が過ぎるとmakeすると以下のようなエラーが出る

Error: A license for FCompL could not be obtained.

Your license has expired.

License file(s) used were (in this order):
    1.  Trusted Storage
    2.  /opt/intel/Compiler/11.0/074/licenses
    3.  /opt/intel/licenses/*.lic
    4.  /home/amber/intel/licenses
    5.  /root/intel/licenses
    6.  /Users/Shared/Library/Application Support/Intel/Licenses
    7.  /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/intel64/*.lic

Please visit http://www.intel.com/software/products to obtain license renewal information.

ifort: error #10052: FLEXlm ライセンスをチェックアウトできませんでした。

そこで購入し、送られてきたファイル(COM_L_CMP_FOR_****-*****.lic)を

/opt/intel/licenses/

にコピーすればよい。

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OpenMPIのインストール †

MPI (Message-Passing Interface)[1,2,3] は メモリ分散型の並列計算をサポートするためのライブラリである。 MPI は新しいプログラミング言語ではなく、 C または Fortran から呼び出すサブプログラムのライブラリである。

以下のコマンドがないとconfigureで以下のようなFortranが動作していないとエラーが出るので実行しておく

configure: error: Could not run a simple Fortran 77 program.  Aborting.
# source /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh intel64

「# /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh intel64」の実行ではダメみたい

# cd /usr/local/src
# tar  jxvf openmpi-1.3.3.tar.bz2
# cd openmpi-1.3.3
# ./configure F77=ifort FC=ifort --prefix=/usr/local/openmpi_1_3_3

# make
# make insatll
# cd /usr/local
# ln -s openmpi_1_3_3 openmpi
# PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH
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AmberTooles1.2のインストール †

X環境もAmberToolesが必要で以下をinstallしておかないとxaLeap,xleapがinstallされない。./configure_at時以下のWarningが出る

Warning: the X11 libraries are not in the usual location !
    To search for them try the command: locate libXt
    On Fedora Core 5 install an xorg-x11-devel package.
    On RedHat8 install an XFree86-devel package.
    For the moment Amber will be configured not to build XLEaP.

になり、config.hは

BUILD_SLEAP=install_sleap
XHOME= /usr/X11R6
XLIBS= -L/usr/X11R6/lib64 -L/usr/X11R6/lib
MAKE_XLEAP=skip_xleap

となりxleapがskipされるので不都合になる。

# yum install libX*-devel

http://ambermd.org/bugfixesat.html

よりパッチbugfix_at.allをDownlaod

展開先を/usr/localにすること

# cd /usr/local
# tar jxvf /usr/local/src/Amber/AmberTools-1.2.tar.bz2
# cd amber10/
# export AMBERHOME=/usr/local/amber10
# patch -p0 -N < /usr/local/src/Amber/bugfix_at.all
# cd src/

# ./configure_at
(略)
The configuration file, config.h, was successfully created.

The next step is to type 'make -f Makefile_at'

# make -f Makefile_at
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作成プログラムの試験 †

# cd ../test

# make -f Makefile_at
=====================================================
Running test to do simple lmod optimization

1c1
< Glob. min. E         =     -122.793 kcal/mol
---
> Glob. min. E         =     -122.191 kcal/mol
  FAILED (probably OK if energy is -115 to -125)

=====================================================

ほとんどPASSEDするが数値誤差による上記のようなFAILEDはある

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Amber10のインストール †

http://ambermd.org/bugfixes10.html

よりパッチbugfix.allをDownlaod

# cd ../..  <== /usr/localに移動
# tar jxvf /usr/local/src/Amber/Amber10.tar.bz2
# cd $AMBERHOME
# patch -p0 -N < /usr/local/src/Amber/bugfix.all
# cd src
# export MKL_HOME=/opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl
# export MPI_HOME=/usr/local/openmpi
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シリアル版インストール †

# ./configure_amber ifort
Setting AMBERHOME to /usr/local/amber10

Setting up Amber configuration file for architecture: ifort_x86_64
Using parallel communications library: none
MKL_HOME is set to /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl
Using MKL libraries from /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/lib/em64t 

Testing the C compiler:
      gcc  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -m64 -O2 -o testp testp.c
OK

Testing the Fortran compiler:
     ifort  -w95  -vec_report0 -mp1 -O0 -o testp testp.f
OK

  ----   Configuring the netCDF libraries:   --------

Configuring netcdf; (may be time-consuming)
NETCDF configure succeeded.

The configuration file, config_amber.h, was successfully created.
# make serial
# make clean

以下のようなエラーが出たら(IntelFortran 11.0.84でエラー)

ld: cannot find -lvml
make[1]: *** [sander.MPI] エラー 1

config_amber.hを以下のように変更

変更前

LOADLIB=  -L/opt/intel/Compiler/11.0/084/mkl/lib/em64t -lvml -lmkl_lapack -lmkl -lguide　-lpthread
                                                       ^^^^^ 削除

変更後

LOADLIB=  -L/opt/intel/Compiler/11.0/084/mkl/lib/em64t -lmkl_lapack -lmkl -lguide -lpthrea

ログファイルを残すときは以下のようにする

# make serial | tee make_serial.log

以下のメッセージが最後に出る

Installation of Amber10 (serial) is complete at 2009 .......
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並列版インストール †

# export MPI_HOME=/usr/local/openmpi
# PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH
# ./configure_amber -openmpi ifort
  ------   Configuring the netCDF libraries:   --------

Configuring netcdf; (may be time-consuming)
NETCDF configure succeeded.
MPI_HOME is set to /usr/local/openmpi
 
The configuration file, config_amber.h, was successfully created.
# make clean 
# make parallel

(略)
mv addles ../../exe
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/amber10/src/addles' から出ます

Installation of Amber10 (parallel) is complete at 2009年  8月 28日 金曜日 11:15:06 JST.
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並列版　pmemdの別途コンパイル †

これがうまくいかなかった(IntelFortran 11.0.74)

# cd pmemd
# export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/openmpi/lib
# ./configure linux_em64t ifort mpich

File config_data/interconnect.mpich being used...
configure assumes mpich files are in /usr/local/openmpi.
PMEMD Configurate successfully completed.

config.hを3箇所修正

変更前
MPI_LIBS = -L$(MPI_LIBDIR) -lmpich

変更後
MPI_LIBS = -L$(MPI_LIBDIR) -lrt -luuid -lpthread 
変更前
F90 = ifort

変更後
F90 = mpif90
変更前
LOAD = ifort

変更後
LOAD = mpif90

以下もいるかも

変更後
< F90_OPT_LO =  -O0
< F90_OPT_MED = -O2
< F90_OPT_HI =  -xP -ip -O3
---
変更前
> F90_OPT_LO =  -tpp7 -O0
> F90_OPT_MED = -tpp7 -O2
> F90_OPT_HI =  -tpp7 -xP -ip -O3

IntelFortran 11.0.74で行うと

makeしたら以下で止まってしまう。うまくいけばあとは make install

/lib/cpp -traditional -P  -I/usr/local/openmpi/include -DPUBFFT  -DMPI -DSLOW_
NONBLOCKING_MPI -DDIRFRC_EFS -DDIRFRC_COMTRANS -DDIRFRC_NOVEC -DMKL 
-DFFTLOADBAL_2PROC master_setup.fpp master_setup.f90
mpif90 -c -auto -xP -ip -O3 master_setup.f90
/lib/cpp -traditional -P  -I/usr/local/openmpi/include -DPUBFFT  -DMPI -DSLOW_
NONBLOCKING_MPI -DDIRFRC_EFS -DDIRFRC_COMTRANS -DDIRFRC_NOVEC -DMKL 
-DFFTLOADBAL_2PROC pmemd.fpp pmemd.f90
mpif90 -c -auto -xP -ip -O3 pmemd.f90

IntelFortran 11.0.84でコンパイルしたらうまく動作した。

以下のエラーは e2fsprogs-develが未インストール時出た

ld: cannot find -luuid
make[1]: *** [pmemd] エラー 1
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動作確認 †

# cd $AMBERHOME/test
# make test.serial
# make test.serial.QMMM

# export DO_PARALLEL=" mpirun -np 4"

多すぎと言われるのでCPUが2なので

# export DO_PARALLEL=" mpirun -np 2"

# make test.parallel
# make test.parallel.QMMM
# make test.parallel.EVB

ここまではパスした

# make test.pmemd

これは当然だめなはず

/etc/profileに以下を追加

# No core files by default
ulimit -S -c 0 > /dev/null 2>&1

## 以下を追加
## Enlarge stack size for Amber
ulimit -s 20480

############

if [ -x /usr/bin/id ]; then


(略)


HOSTNAME=`/bin/hostname`
HISTSIZE=1000 

if [ -z "$INPUTRC" -a ! -f "$HOME/.inputrc" ]; then
    INPUTRC=/etc/inputrc
fi

##以下を追加

# Intel fortran settings
if [ -e /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh ]; then
    . /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh intel64
fi

# OpenMPI settings
PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH

# Amber settings
export AMBERHOME=/usr/local/amber10
PATH=$AMBERHOME/exe:$PATH

############


export PATH USER LOGNAME MAIL HOSTNAME HISTSIZE INPUTRC
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xmgraceのインストール †

構築にはMotif API群が必要

# yum install openmotif-devel.x86_64

http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/からgrace-latest.tar.gzをDLしてくる

$ tar zxvf grace-latest.tar.gz
$ cd grace-5.1.22
$ ./configure
$ make
$ su
# make install

/usr/local/grace/bin/xmgraceが実行形式みたい

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