**Amber10のインストール [#w805326c] RIGHT:更新日 &lastmod(); CentOS5.3 64Bit版(Core2Duo)にAmber10をインストール。 pmemedだけインストールできなかった。 Amberは、カリフォルニア大学のコールマン教授らのグループによって開発された、分子力学および分子動力学計算パッケージです。Amberでは、分子力学、エネルギー極小化、基準振動解析、分子動力学、自由エネルギー計算などを行うことが可能です。 ** intel fortranのインストール [#l38a4f77] 事前に以下のファイルを追加インストール # yum install gcc # yum install gcc-gfortran # yum install gcc-c++ # yum install libstdc++.so.5 # yum install compat-libstdc++-33.x86_64 # yum install compat-gcc-34-g77 # yum install compat-gcc-34-c++ # yum install compat-libgcc-296 # yum install compat-libstdc++-296 後は、CD内install.shを起動して評価版を選択してデフォルトインストール # tar zxvf l_cprof_p_11.0.074.tgz # cd l_cprof_p_11.0.074 # ./install.sh インストールの様子&ref("intelfortran install.txt"); ***30日の評価版からライセンス登録方法 [#u0ef54dc] 30日が過ぎるとmakeすると以下のようなエラーが出る Error: A license for FCompL could not be obtained. Your license has expired. License file(s) used were (in this order): 1. Trusted Storage 2. /opt/intel/Compiler/11.0/074/licenses 3. /opt/intel/licenses/*.lic 4. /home/amber/intel/licenses 5. /root/intel/licenses 6. /Users/Shared/Library/Application Support/Intel/Licenses 7. /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/intel64/*.lic Please visit http://www.intel.com/software/products to obtain license renewal information. ifort: error #10052: FLEXlm ライセンスをチェックアウトできませんでした。 そこで購入し、送られてきたファイル(COM_L_CMP_FOR_****-*****.lic)を /opt/intel/licenses/ にコピーすればよい。 ** OpenMPIのインストール [#lca4fe02] MPI (Message-Passing Interface)[1,2,3] は メモリ分散型の並列計算をサポートするためのライブラリである。 MPI は新しいプログラミング言語ではなく、 C または Fortran から呼び出すサブプログラムのライブラリである。 以下のコマンドがないとconfigureで以下のようなFortranが動作していないとエラーが出るので実行しておく configure: error: Could not run a simple Fortran 77 program. Aborting. # source /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh intel64 &color(red){ 「# /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh intel64」の実行ではダメみたい}; # cd /usr/local/src # tar jxvf openmpi-1.3.3.tar.bz2 # cd openmpi-1.3.3 # ./configure F77=ifort FC=ifort --prefix=/usr/local/openmpi_1_3_3 # make # make insatll # cd /usr/local # ln -s openmpi_1_3_3 openmpi # PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH ** AmberTooles1.2のインストール [#c2dd7b81] &color(red){X環境もAmberToolesが必要で以下をinstallしておかないとxaLeap,xleapがinstallされない。./configure_at時以下のWarningが出る}; Warning: the X11 libraries are not in the usual location ! To search for them try the command: locate libXt On Fedora Core 5 install an xorg-x11-devel package. On RedHat8 install an XFree86-devel package. For the moment Amber will be configured not to build XLEaP. になり、config.hは BUILD_SLEAP=install_sleap XHOME= /usr/X11R6 XLIBS= -L/usr/X11R6/lib64 -L/usr/X11R6/lib MAKE_XLEAP=skip_xleap となりxleapがskipされるので不都合になる。 # yum install libX*-devel http://ambermd.org/bugfixesat.html よりパッチbugfix_at.allをDownlaod 展開先を/usr/localにすること # cd /usr/local # tar jxvf /usr/local/src/Amber/AmberTools-1.2.tar.bz2 # cd amber10/ # export AMBERHOME=/usr/local/amber10 # patch -p0 -N < /usr/local/src/Amber/bugfix_at.all # cd src/ # ./configure_at (略) The configuration file, config.h, was successfully created. The next step is to type 'make -f Makefile_at' # make -f Makefile_at ***作成プログラムの試験 [#j76da1e2] # cd ../test # make -f Makefile_at ===================================================== Running test to do simple lmod optimization 1c1 < Glob. min. E = -122.793 kcal/mol --- > Glob. min. E = -122.191 kcal/mol FAILED (probably OK if energy is -115 to -125) ===================================================== ほとんどPASSEDするが数値誤差による上記のようなFAILEDはある ** Amber10のインストール [#l4aec4e0] http://ambermd.org/bugfixes10.html よりパッチbugfix.allをDownlaod # cd ../.. <== /usr/localに移動 # tar jxvf /usr/local/src/Amber/Amber10.tar.bz2 # cd $AMBERHOME # patch -p0 -N < /usr/local/src/Amber/bugfix.all # cd src # export MKL_HOME=/opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl # export MPI_HOME=/usr/local/openmpi ***シリアル版インストール [#hbb486cf] # ./configure_amber ifort Setting AMBERHOME to /usr/local/amber10 Setting up Amber configuration file for architecture: ifort_x86_64 Using parallel communications library: none MKL_HOME is set to /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl Using MKL libraries from /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/lib/em64t Testing the C compiler: gcc -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -m64 -O2 -o testp testp.c OK Testing the Fortran compiler: ifort -w95 -vec_report0 -mp1 -O0 -o testp testp.f OK ---- Configuring the netCDF libraries: -------- Configuring netcdf; (may be time-consuming) NETCDF configure succeeded. The configuration file, config_amber.h, was successfully created. # make serial # make clean ログファイルを残すときは以下のようにする # make serial | tee make_serial.log 以下のメッセージが最後に出る Installation of Amber10 (serial) is complete at 2009 ....... ***並列版インストール [#k7e8b44e] # export MPI_HOME=/usr/local/openmpi # PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH # ./configure_amber -openmpi ifort ------ Configuring the netCDF libraries: -------- Configuring netcdf; (may be time-consuming) NETCDF configure succeeded. MPI_HOME is set to /usr/local/openmpi The configuration file, config_amber.h, was successfully created. # make clean # make parallel (略) mv addles ../../exe make[1]: ディレクトリ `/usr/local/amber10/src/addles' から出ます Installation of Amber10 (parallel) is complete at 2009年 8月 28日 金曜日 11:15:06 JST. ***並列版 pmemdの別途コンパイル [#ed3c1836] これがうまくいかなかった # cd pmemd # export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/openmpi/lib # ./configure linux_em64t ifort mpich File config_data/interconnect.mpich being used... configure assumes mpich files are in /usr/local/openmpi. PMEMD Configurate successfully completed. config.hを3箇所修正 変更前 MPI_LIBS = -L$(MPI_LIBDIR) -lmpich 変更後 MPI_LIBS = -L$(MPI_LIBDIR) -lrt -luuid -lpthread 変更前 F90 = ifort 変更後 F90 = mpif90 変更前 LOAD = ifort 変更後 LOAD = mpif90 以下もいるかも 変更後 < F90_OPT_LO = -O0 < F90_OPT_MED = -O2 < F90_OPT_HI = -xP -ip -O3 --- 変更前 > F90_OPT_LO = -tpp7 -O0 > F90_OPT_MED = -tpp7 -O2 > F90_OPT_HI = -tpp7 -xP -ip -O3 makeしたら以下で止まってしまう。うまくいけばあとは make install /lib/cpp -traditional -P -I/usr/local/openmpi/include -DPUBFFT -DMPI -DSLOW_ NONBLOCKING_MPI -DDIRFRC_EFS -DDIRFRC_COMTRANS -DDIRFRC_NOVEC -DMKL -DFFTLOADBAL_2PROC master_setup.fpp master_setup.f90 mpif90 -c -auto -xP -ip -O3 master_setup.f90 /lib/cpp -traditional -P -I/usr/local/openmpi/include -DPUBFFT -DMPI -DSLOW_ NONBLOCKING_MPI -DDIRFRC_EFS -DDIRFRC_COMTRANS -DDIRFRC_NOVEC -DMKL -DFFTLOADBAL_2PROC pmemd.fpp pmemd.f90 mpif90 -c -auto -xP -ip -O3 pmemd.f90 ** 動作確認 [#b2c674f6] # cd $AMBERHOME/test # make test.serial # make test.serial.QMMM # export DO_PARALLEL=" mpirun -np 4" 多すぎと言われるのでCPUが2なので # export DO_PARALLEL=" mpirun -np 2" # make test.parallel # make test.parallel.QMMM # make test.parallel.EVB ここまではパスした # make test.pmemd これは当然だめなはず ''/etc/profile''に以下を追加 # No core files by default ulimit -S -c 0 > /dev/null 2>&1 ## 以下を追加 ## Enlarge stack size for Amber ulimit -s 20480 ############ if [ -x /usr/bin/id ]; then (略) HOSTNAME=`/bin/hostname` HISTSIZE=1000 if [ -z "$INPUTRC" -a ! -f "$HOME/.inputrc" ]; then INPUTRC=/etc/inputrc fi ##以下を追加 # Intel fortran settings if [ -e /opt/intel/Compiler/11.0/083/bin/ifortvars.sh ]; then . /opt/intel/Compiler/11.0/083/bin/ifortvars.sh intel64 fi # OpenMPI settings PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH # Amber settings export AMBERHOME=/usr/local/amber10 PATH=$AMBERHOME/exe:$PATH ############ export PATH USER LOGNAME MAIL HOSTNAME HISTSIZE INPUTRC