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**Amber10のインストール [#w805326c]
RIGHT:更新日 &lastmod();
CentOS5.3 64Bit版(Core2Duo)にAmber10をインストール。
pmemedだけインストールできなかった。
Amberは、カリフォルニア大学のコールマン教授らのグループによって開発された、分子力学および分子動力学計算パッケージです。Amberでは、分子力学、エネルギー極小化、基準振動解析、分子動力学、自由エネルギー計算などを行うことが可能です。
** intel fortranのインストール [#l38a4f77]
事前に以下のファイルを追加インストール
# yum install gcc
# yum install gcc-gfortran
# yum install gcc-c++
# yum install libstdc++.so.5
# yum install compat-libstdc++-33.x86_64
# yum install compat-gcc-34-g77
# yum install compat-gcc-34-c++
# yum install compat-libgcc-296
# yum install compat-libstdc++-296
後は、CD内install.shを起動して評価版を選択してデフォルトインストール
# tar zxvf l_cprof_p_11.0.074.tgz
# cd l_cprof_p_11.0.074
# ./install.sh
インストールの様子&ref("intelfortran install.txt");
** OpenMPIのインストール [#lca4fe02]
MPI (Message-Passing Interface)[1,2,3] は メモリ分散型の並列計算をサポートするためのライブラリである。 MPI は新しいプログラミング言語ではなく、 C または Fortran から呼び出すサブプログラムのライブラリである。
以下のコマンドがないとconfigureで以下のようなFortranが動作していないとエラーが出るので実行しておく
configure: error: Could not run a simple Fortran 77 program. Aborting.
# source /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh intel64
&color(red){ 「# /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh intel64」の実行ではダメみたい};
# cd /usr/local/src
# tar jxvf openmpi-1.3.3.tar.bz2
# cd openmpi-1.3.3
# ./configure F77=ifort FC=ifort --prefix=/usr/local/openmpi_1_3_3
# make
# make insatll
# cd /usr/local
# ln -s openmpi_1_3_3 openmpi
# PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH
** AmberTooles1.2のインストール [#c2dd7b81]
&color(red){X環境もAmberToolesが必要で以下をinstallしておかないとxaLeap,xleapがinstallされない。./configure_at時以下のWarningが出る};
Warning: the X11 libraries are not in the usual location !
To search for them try the command: locate libXt
On Fedora Core 5 install an xorg-x11-devel package.
On RedHat8 install an XFree86-devel package.
For the moment Amber will be configured not to build XLEaP.
になり、config.hは
BUILD_SLEAP=install_sleap
XHOME= /usr/X11R6
XLIBS= -L/usr/X11R6/lib64 -L/usr/X11R6/lib
MAKE_XLEAP=skip_xleap
となりxleapがskipされる
となりxleapがskipされるので不都合になる。
# yum install libX*-devel
http://ambermd.org/bugfixesat.html
よりパッチbugfix_at.allをDownlaod
展開先を/usr/localにすること
# cd /usr/local
# tar jxvf /usr/local/src/Amber/AmberTools-1.2.tar.bz2
# cd amber10/
# export AMBERHOME=/usr/local/amber10
# patch -p0 -N < /usr/local/src/Amber/bugfix_at.all
# cd src/
# ./configure_at
(略)
The configuration file, config.h, was successfully created.
The next step is to type 'make -f Makefile_at'
# make -f Makefile_at
***作成プログラムの試験 [#j76da1e2]
# cd ../test
# make -f Makefile_at
=====================================================
Running test to do simple lmod optimization
1c1
< Glob. min. E = -122.793 kcal/mol
---
> Glob. min. E = -122.191 kcal/mol
FAILED (probably OK if energy is -115 to -125)
=====================================================
ほとんどPASSEDするが数値誤差による上記のようなFAILEDはある
** Amber10のインストール [#l4aec4e0]
http://ambermd.org/bugfixes10.html
よりパッチbugfix.allをDownlaod
# cd ../.. <== /usr/localに移動
# tar jxvf /usr/local/src/Amber/Amber10.tar.bz2
# cd $AMBERHOME
# patch -p0 -N < /usr/local/src/Amber/bugfix.all
# cd src
# export MKL_HOME=/opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl
# export MPI_HOME=/usr/local/openmpi
***シリアル版インストール [#hbb486cf]
# ./configure_amber ifort
Setting AMBERHOME to /usr/local/amber10
Setting up Amber configuration file for architecture: ifort_x86_64
Using parallel communications library: none
MKL_HOME is set to /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl
Using MKL libraries from /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/lib/em64t
Testing the C compiler:
gcc -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -m64 -O2 -o testp testp.c
OK
Testing the Fortran compiler:
ifort -w95 -vec_report0 -mp1 -O0 -o testp testp.f
OK
---- Configuring the netCDF libraries: --------
Configuring netcdf; (may be time-consuming)
NETCDF configure succeeded.
The configuration file, config_amber.h, was successfully created.
# make serial
# make clean
ログファイルを残すときは以下のようにする
# make serial | tee make_serial.log
以下のメッセージが最後に出る
Installation of Amber10 (serial) is complete at 2009 .......
***並列版インストール [#k7e8b44e]
# export MPI_HOME=/usr/local/openmpi
# PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH
# ./configure_amber -openmpi ifort
------ Configuring the netCDF libraries: --------
Configuring netcdf; (may be time-consuming)
NETCDF configure succeeded.
MPI_HOME is set to /usr/local/openmpi
The configuration file, config_amber.h, was successfully created.
# make clean
# make parallel
(略)
mv addles ../../exe
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/amber10/src/addles' から出ます
Installation of Amber10 (parallel) is complete at 2009年 8月 28日 金曜日 11:15:06 JST.
***並列版 pmemdの別途コンパイル [#ed3c1836]
これがうまくいかなかった
# cd pmemd
# export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/openmpi/lib
# ./configure linux_em64t ifort mpich
File config_data/interconnect.mpich being used...
configure assumes mpich files are in /usr/local/openmpi.
PMEMD Configurate successfully completed.
config.hを3箇所修正
変更前
MPI_LIBS = -L$(MPI_LIBDIR) -lmpich
変更後
MPI_LIBS = -L$(MPI_LIBDIR) -lrt -luuid -lpthread
変更前
F90 = ifort
変更後
F90 = mpif90
変更前
LOAD = ifort
変更後
LOAD = mpif90
以下もいるかも
変更後
< F90_OPT_LO = -O0
< F90_OPT_MED = -O2
< F90_OPT_HI = -xP -ip -O3
---
変更前
> F90_OPT_LO = -tpp7 -O0
> F90_OPT_MED = -tpp7 -O2
> F90_OPT_HI = -tpp7 -xP -ip -O3
makeしたら以下で止まってしまう。うまくいけばあとは make install
/lib/cpp -traditional -P -I/usr/local/openmpi/include -DPUBFFT -DMPI -DSLOW_
NONBLOCKING_MPI -DDIRFRC_EFS -DDIRFRC_COMTRANS -DDIRFRC_NOVEC -DMKL
-DFFTLOADBAL_2PROC master_setup.fpp master_setup.f90
mpif90 -c -auto -xP -ip -O3 master_setup.f90
/lib/cpp -traditional -P -I/usr/local/openmpi/include -DPUBFFT -DMPI -DSLOW_
NONBLOCKING_MPI -DDIRFRC_EFS -DDIRFRC_COMTRANS -DDIRFRC_NOVEC -DMKL
-DFFTLOADBAL_2PROC pmemd.fpp pmemd.f90
mpif90 -c -auto -xP -ip -O3 pmemd.f90
** 動作確認 [#b2c674f6]
# cd $AMBERHOME/test
# make test.serial
# make test.serial.QMMM
# export DO_PARALLEL=" mpirun -np 4"
多すぎと言われるのでCPUが2なので
# export DO_PARALLEL=" mpirun -np 2"
# make test.parallel
# make test.parallel.QMMM
# make test.parallel.EVB
ここまではパスした
# make test.pmemd
これは当然だめなはず
''/etc/profile''に以下を追加
# No core files by default
ulimit -S -c 0 > /dev/null 2>&1
## 以下を追加
## Enlarge stack size for Amber
ulimit -s 20480
############
if [ -x /usr/bin/id ]; then
(略)
HOSTNAME=`/bin/hostname`
HISTSIZE=1000
if [ -z "$INPUTRC" -a ! -f "$HOME/.inputrc" ]; then
INPUTRC=/etc/inputrc
fi
##以下を追加
# Intel fortran settings
if [ -e /opt/intel/Compiler/11.0/083/bin/ifortvars.sh ]; then
. /opt/intel/Compiler/11.0/083/bin/ifortvars.sh intel64
fi
# OpenMPI settings
PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH
# Amber settings
export AMBERHOME=/usr/local/amber10
PATH=$AMBERHOME/exe:$PATH
############
export PATH USER LOGNAME MAIL HOSTNAME HISTSIZE INPUTRC
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