turboLinux_White Box Enterprise Linux_Fedora Core_Red Hat Memo/Amber のバックアップ差分(No.1)

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turboLinux_White Box Enterprise Linux_Fedora Core_Red Hat Memo/Amber へ行く。
- 1 (2009-08-29 (土) 08:29:53)
- 2 (2009-08-29 (土) 08:34:08)
- 3 (2009-08-29 (土) 23:44:14)
- 4 (2009-08-30 (日) 10:19:13)
- 5 (2009-08-31 (月) 12:51:47)
- 6 (2009-10-21 (水) 05:22:50)
- 7 (2009-10-22 (木) 00:21:27)
- 8 (2009-10-30 (金) 08:12:36)
- 9 (2009-10-30 (金) 13:54:46)
- 10 (2009-12-09 (水) 07:03:45)
追加された行はこの色です。
削除された行はこの色です。
**Amber10のインストール [#w805326c]

RIGHT:更新日 &lastmod();

CentOS5.3 64Bit版(Core2Duo)にAmber10をインストール。

pmemedだけインストールできなかった。

Amberは、カリフォルニア大学のコールマン教授らのグループによって開発された、分子力学および分子動力学計算パッケージです。Amberでは、分子力学、エネルギー極小化、基準振動解析、分子動力学、自由エネルギー計算などを行うことが可能です。

** intel fortranのインストール [#l38a4f77]

事前に以下のファイルを追加インストール
 # yum install gcc
 # yum install gcc-gfortran
 # yum install gcc-c++
 # yum install libstdc++.so.5
 # yum install compat-libstdc++-33.x86_64
 # yum install compat-gcc-34-g77
 # yum install compat-gcc-34-c++
 # yum install compat-libgcc-296


後は、CD内install.shを起動して評価版を選択してデフォルトインストール


** OpenMPIのインストール [#lca4fe02]


以下のコマンドがないとFortranが動作していないとエラーが出るので実行しておく

 # source /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh intel64


 # cd /usr/local/src
 # tar  jxvf openmpi-1.3.3.tar.bz2
 # cd openmpi-1.3.3
 # ./configure F77=ifort FC=ifort --prefix=/usr/local/openmpi_1_3_3
 
 # make
 # make insatll
 # cd /usr/local
 # ln -s openmpi_1_3_3 openmpi


** AmberTooles1.2のインストール [#c2dd7b81]

http://ambermd.org/bugfixesat.htm

よりパッチbugfix_at.allをDownlaod

展開先を/usr/localにすること

 # cd /usr/local
 # tar jxvf /usr/local/src/Amber/AmberTools-1.2.tar.bz2
 # cd amber10/
 # export AMBERHOME=/usr/local/amber10
 # patch -p0 -N < /usr/local/src/Amber/bugfix_at.all
 # cd src/
 
 # ./configure_at
 (略)
 The configuration file, config.h, was successfully created.
 
 The next step is to type 'make -f Makefile_at'
 

 # make -f Makefile_at

***作成プログラムの試験 [#j76da1e2]

 # cd ../test
（./configure_at   <===必要かも？）
 
 # make -f Makefile_at


 =====================================================
 Running test to do simple lmod optimization
 
 1c1
 < Glob. min. E         =     -122.793 kcal/mol
 ---
 > Glob. min. E         =     -122.191 kcal/mol
   FAILED (probably OK if energy is -115 to -125)
 
 =====================================================

ほとんどPASSEDするが数値誤差による上記のようなFAILEDはある

** Amber10のインストール [#l4aec4e0]

http://ambermd.org/buxfixes10.html

よりパッチbugfix.allをDownlaod

 # cd ../..  <== /usr/localに移動
 # tar jxvf /usr/local/src/Amber/Amber10.tar.bz2
 # cd $AMBERHOME
 # patch -p0 -N < /usr/local/src/Amber/bugfix.all
 # cd src
 # export MKL_HOME=/opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl
 # export MPI_HOME=/usr/local/openmpi

***シリアル版インストール [#hbb486cf]

 # ./configure_amber ifort
 Setting AMBERHOME to /usr/local/amber10
 
 Setting up Amber configuration file for architecture: ifort_x86_64
 Using parallel communications library: none
 MKL_HOME is set to /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl
 Using MKL libraries from /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/lib/em64t 
 
 Testing the C compiler:
       gcc  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -m64 -O2 -o testp testp.c
 OK
 
 Testing the Fortran compiler:
      ifort  -w95  -vec_report0 -mp1 -O0 -o testp testp.f
 OK
 
   ----   Configuring the netCDF libraries:   --------
 
 Configuring netcdf; (may be time-consuming)
 NETCDF configure succeeded.
 
 The configuration file, config_amber.h, was successfully created.

 # make serial
 # make clean

ログファイルを残すときは以下のようにする
 # make serial | tee make_serial.log

以下のメッセージが最後に出る
 Installation of Amber10 (serial) is complete at 2009 .......

***並列版インストール [#k7e8b44e]

 # export MPI_HOME=/usr/local/openmpi
 # export PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH


 # ./configure_amber -openmpi ifort
   ------   Configuring the netCDF libraries:   --------
 
 Configuring netcdf; (may be time-consuming)
 NETCDF configure succeeded.
 MPI_HOME is set to /usr/local/openmpi
  
 The configuration file, config_amber.h, was successfully created.

 # make clean 
 # make parallel
 
 (略)
 mv addles ../../exe
 make[1]: ディレクトリ `/usr/local/amber10/src/addles' から出ます
 
 Installation of Amber10 (parallel) is complete at 2009年  8月 28日 金曜日 11:15:06 JST.




***並列版　pmemdの別途コンパイル [#ed3c1836]

これがうまくいかなかった

 # cd pmemd
 # export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/openmpi/lib
 # ./configure linux_em64t ifort mpich
 
 File config_data/interconnect.mpich being used...
 configure assumes mpich files are in /usr/local/openmpi.
 PMEMD Configurate successfully completed.
 
 
 config.hを3箇所修正

 変更前
 MPI_LIBS = -L$(MPI_LIBDIR) -lmpich
 
 変更後
 MPI_LIBS = -L$(MPI_LIBDIR) -lrt -luuid -lpthread 

 変更前
 F90 = ifort
 
 変更後
 F90 = mpif90

 変更前
 LOAD = ifort
 
 変更後
 LOAD = mpif90

以下もいるかも

 変更後
 < F90_OPT_LO =  -O0
 < F90_OPT_MED = -O2
 < F90_OPT_HI =  -xP -ip -O3
 ---
 変更前
 > F90_OPT_LO =  -tpp7 -O0
 > F90_OPT_MED = -tpp7 -O2
 > F90_OPT_HI =  -tpp7 -xP -ip -O3

 # makeしたら以下で止まってしまう

 /lib/cpp -traditional -P  -I/usr/local/openmpi/include -DPUBFFT  -DMPI -DSLOW_
 NONBLOCKING_MPI -DDIRFRC_EFS -DDIRFRC_COMTRANS -DDIRFRC_NOVEC -DMKL 
 -DFFTLOADBAL_2PROC master_setup.fpp master_setup.f90
 mpif90 -c -auto -xP -ip -O3 master_setup.f90
 /lib/cpp -traditional -P  -I/usr/local/openmpi/include -DPUBFFT  -DMPI -DSLOW_
 NONBLOCKING_MPI -DDIRFRC_EFS -DDIRFRC_COMTRANS -DDIRFRC_NOVEC -DMKL 
 -DFFTLOADBAL_2PROC pmemd.fpp pmemd.f90
 mpif90 -c -auto -xP -ip -O3 pmemd.f90


** 動作確認 [#b2c674f6]

 # cd $AMBERHOME/test
 # make test.serial
 # make test.serial.QMMM
 
 # export DO_PARALLEL=" mpirun -np 4"
 多すぎと言われるのでCPUが2なので
 # export DO_PARALLEL=" mpirun -np 2"
 
 # make test.parallel
 # make test.parallel.QMMM
 # make test.parallel.EVB

 ここまではパスした

 # make test.pmemd